Храм святого благоверного Князя Михаила Черниговского построен в 1913 году на пожертвования состоятельных дачников-петербуржцев. Храм строился по плану придворного архитектора академика В. Покровского в неорусском стиле, который утвердил император Николай II.
23 сентября 1913 года был произведен осмотр церкви-часовни, сооруженной под наблюдением архитектора С. Каллистратова, и 6 октября 1913 года состоялось Великое освящение храма епископом Сухумской епархии.
После революции 1917 года храм был закрыт. В здание сначала был клуб, затем электроподстанция. После войны там ничего не было, храм разрушался.
В 1992 году в ходе инвентаризации объектов историко-культурного наследия храм Михаила Черниговского в Геленджике был внесен в списки сохранившихся дореволюционных православных храмов. В 1995 году земельный участок площадью 0,6 га с полуразрушенным зданием церкви был отдан Подворью Черниговского скита Свято-Троицкой Сергиевой Лавры.
Стараниями и усилиями настоятеля Скита, архимандрита Феофилакта (Моисеева), ныне епископа Дмитровского, викария Святейшего Патриарха Московского и всея Руси, с Божией помощью началась реставрация Храма.
Были проведены ремонтные работы по обкладке храма красным кирпичом без привязки к основной кладке. В итоге было изменено первоначальное архитектурное решение фасадов, пропорции шатра, из практических целей пристроен храмовый притвор. Внутри храма была выполнена отделка и установлен фресочный иконостас, привезенный из Москвы, а иеромонах Варнава (Клюшин) начал регулярно совершать богослужения в храме.
Подворье принимает на отдых и реабилитацию по семейному типу слепоглухонемых детей сирот-инвалидов из Сергиево-Посадского детского дома.
В 2017 году. Ольгой Ковалик по благословению настоятеля была подготовлена книга о истории храма. Ознакомиться с текстом книги можно по ссылке